Una serie de sucesos marcarán el comienzo de una nueva Guerra Santa por el Grial en Trifas.

En esta guerra se enfrentarán dos bandos: la Facción Negra, con 7 miembros de Yggdramillennia, y la Facción Roja, con 7 miembros de la Asociación de Magos, y será supervisada por un miembro de la Iglesia que no servirá a ningún bando.

Sin embargo, se dice que gracias al hijo adoptivo de Hattori Hanzo, Kyouhachirou, estos dos pétalos de flores dejaron su legado en forma de otros dos pétalos. Estos niños, cada uno nacido con su propio destino, fueron Hachiro Kouga y Hibiki Iga. El primero tiene los ojos de su padre, mientras que el segundo tiene los ojos de su madre.

Ahora estamos en el Periodo Kan’ei y la paz reina de nuevo. Mientras los ninjas comienzan a desaparecer en las sombras tras ser declarados innecesarios, los clanes Kouga e Iga piden un favor a Hachirou y Hibiki con la esperanza de reforzar sus pilares.