Sin embargo, se dice que gracias al hijo adoptivo de Hattori Hanzo, Kyouhachirou, estos dos pétalos de flores dejaron su legado en forma de otros dos pétalos. Estos niños, cada uno nacido con su propio destino, fueron Hachiro Kouga y Hibiki Iga. El primero tiene los ojos de su padre, mientras que el segundo tiene los ojos de su madre.

Ahora estamos en el Periodo Kan’ei y la paz reina de nuevo. Mientras los ninjas comienzan a desaparecer en las sombras tras ser declarados innecesarios, los clanes Kouga e Iga piden un favor a Hachirou y Hibiki con la esperanza de reforzar sus pilares.

Cuando Justice Akatsuka, conocido como “Seigi”, salva a un hombre de unos matones en la calle, el hombre le regala una misteriosa piedra en agradecimiento. En el momento en el que Seigi la acepta, un extraño tatuaje aparece en su mano.

“¿Dónde conseguiste ese tatuaje?”.

De camino a casa desde clase al día siguiente, Seigi es atacado por “Izzy”, una chica que lleva gabardina pese al clima templado que se da en la ciudad. Seigi se defiende con el jiujitsu que su abuelo le enseñó, pero la fuerza de Izzy le supera y su vida corre peligro.

Así da comienzo la batalla, entre una red de conspiraciones en cuyo centro está el propio Justice Akatsuka, el chico que obtuvo un “tatuaje” por pura casualidad.