Este encuentro cambiará para siempre la vida del protagonista.

Sin embargo, los estudiantes aprendieron que “el talento no es lo más importante en la vida, sino relacionarte con la gente y convertirte en mejor persona a la vez que creas recuerdos”. Sin embargo, poco sabían ellos de que ante sus narices se estaba ejecutando un misterioso proyecto y además se discriminaba entre los cursos.

Hajime Hinata es un muchacho del curso preliminar que está deseando tener una habilidad. Vivirá un fatídico encuentro que impulsará al futuro de la escuela en una dirección inesperada. Esta es la historia de lo que sucedió hasta “el mayor, más horroroso y más trágico evento de la historia de la humanidad”. La historia de una esperanza que acaba en desesperación.

Los miembros de la Future Foundation se reunieron para decidir su castigo, pero acabaron siendo atrapados en el lugar en el que se reunieron por Monokuma, quien les exige que den comienzo a la “Matanza Final”. Todos tienen unos extraños brazaletes puestos en las muñecas, y les administran tranquilizantes cuando llega cierto momento. Para empeorar las cosas, hay un verdadero traidor entre sus filas que se está dedicando a matar a los miembros de la Future Foundation.

En este juego en el que no existen los juicios, la única forma de librarse del traidor es encontrarlo y matarlo. Naegi se ve forzado a participar en el juego mortal definitivo, en el cual la única forma de sobrevivir es matar. Da comienzo la historia de desesperación en la que la propia esperanza acaba con la esperanza.

Ikoma, un chico que vive en la Estación Aragane y que ayuda a construir Expresos, locomotoras a vapor, crea su propia arma llamada “cañón perforador” para matar a estas criaturas. Un día, mientras espera una oportunidad para probarla, conoce a una chica llamada Mumei, que ha venido con la excusa de la inspección obligatoria de los kabane. Por la noche, Ikoma vuelve a encontrarse con Mumei cuando la Fortaleza Fusang está fuera de control; el personal de la locomotora se ha convertido en una de las criaturas. La estación, ahora bajo ataque de los kabane, es la oportunidad que Ikoma estaba esperando.