La vida diaria en la ciudad transcurre sin complicaciones para Ritsu Shikishima, un nuevo estudiante de la Preparatoria Kishimai de la ciudad de Miyabi. Es aficionado a la psicología y seguidor de μ, la cantante virtual de moda que todos conocen. Nada perturbaba su paz, todo encajaba en su vida, hasta que un día una extraña sensación lo invade: algo falla en el mundo, algo no encaja.

Su forma de pensar evitará que pueda quitarse de la cabeza esa sensación de extrañez, pero cuando en el día de despedida a a los estudiantes de tercero el presidente del consejo se despide de todos para segundos después aparecer rejuvenecido y como representante de los nuevos estudiantes, está claro que algo falla. Y lo que ocurre a continuación se lo confirma.

Ante la joven aparecen entonces dos miembros de la “Agencia de Inteligencia de la Biblioteca Imperial”, quienes le explican que lo ocurrido a su hermano fue obra de un tomo maldito, un “Maremono”, libros imbuidos con los sentimientos de quienes los escribieron y que pueden influenciar en gran medida a quienes los poseen.

Además, debido al incidente sufrido por su hermano, ella obtiene el poder de ver las “Auras”, manifestaciones lumínicas de los sentimientos de los tomos malditos y que la gente normal no puede ver. Así, la chica abandonará todo y romperá con todo lo que la ata para comenzar a trabajar en la capital Imperial.

Candy se pega a la portada del cuento de Pretty Cure en el primer día de clase de Miyuki Hoshizora, una estudiante de octavo grado. Cuando es atacada Miyuki se transforma en Cure Happy, para encontrar a las otras Pretty Cure y con Candy. La segunda en transformarse en Akane y se convierte en Cure Sunny, más tarde Yayoi en Cure Peace, luego Nao se transforma en Cure March y por último Reika es Cure Beauty. El emperador Pierrot tiene sirvientes: Joker que es el jefe de Wolfrun, Akaoni y Majorina, que son los encargados de revivir a su emperador y derrotar a las Pretty Cure. Todas juntas viven muchas aventuras.

Una serie de sucesos marcarán el comienzo de una nueva Guerra Santa por el Grial en Trifas.

En esta guerra se enfrentarán dos bandos: la Facción Negra, con 7 miembros de Yggdramillennia, y la Facción Roja, con 7 miembros de la Asociación de Magos, y será supervisada por un miembro de la Iglesia que no servirá a ningún bando.

Alrededor de 10 años después, este niño; llamado Gai, se convierte en aprendiz de Amon.

Este;pierde su brazo derecho en un accidente mientras fabricaba una espada. Amon para compensarlo le entrega una espada llamada “Shiryuu”,que se ha transmitido por generaciones, la cual tiene poderes demoníacos , y la convierte en un brazo artificial para Gai. Ese fue el comienzo de todo …