El anime adaptará la secuela de la famosa visual novel Steins;Gate y se desarrolla en la Línea Temporal Beta, en la cual Okabe fracasó en sus intentos de salvar a Makise Kurisu y esta murió el 28 de julio en Akihabara. Destrozado y arrepentido por no haber podido salvarla, Okabe regresa a su vida habitual. Cuatro meses después de la muerte de Kurisu, Okabe comienza una nueva vida en la universidad Viktor Chondria. En un seminario del profesor Leskinen, que estuvo en el mismo equipo que Kurisu, conoce a Maho Hijayo, cuyo equipo trabaja en un nuevo programa informático llamado “Amadeus” que puede almacenar la memoria de una persona y convertirla en una inteligencia artificial. Kurisu estuvo trabajando en este proyecto antes de abandonar la universidad, con lo que tienen una copia de sus recuerdos almacenada. Cuando Okabe se encuentra con su réplica digital, su vida cambia por completo.
