Es entonces cuando una serie de terribles asesinatos en serie en la que las víctimas son decapitadas comienza a azotar la ciudad. Extrañamente, al mismo tiempo Ren comienza a tener unas horribles pesadillas en las que una guillotina le corta la cabeza. Estas pesadillas serán el preludio de una serie de dolorosas y terroríficas batallas que tendrá que afrontar.

La vida diaria de los protagonistas se ha puesto patas arriba. En la oscuridad acechan seres que no parecen humanos y la ciudad se ha convertido en un campo de batalla en el que las extrañas circunstancias consumen la cordura de Ren. Enfrentado a una realidad a la que no podrá sobrevivir sin pelear, ¿podrá volver algún día a su vida sencilla y corriente?

Debido a la falta de Maedchens en Japón, en la escuela local están preocupados por no poder participar este año en la competencia anual. Es entonces cuando Shizuka Tsuchimikado, la líder de Japón, se encuentra con Hazuki Kagimura, una chica de preparatoria que adora leer y soñar despierta. Por algún motivo, Hazuki, una solitaria sin amigas, es elegida por el Original de la Cenicienta, el cual tiene un gran poder. Ahora la chica comenzará una nueva vida rodeada de magia y otras chicas como ellas, ¡y aspirarán a vencer la competencia!

Candy se pega a la portada del cuento de Pretty Cure en el primer día de clase de Miyuki Hoshizora, una estudiante de octavo grado. Cuando es atacada Miyuki se transforma en Cure Happy, para encontrar a las otras Pretty Cure y con Candy. La segunda en transformarse en Akane y se convierte en Cure Sunny, más tarde Yayoi en Cure Peace, luego Nao se transforma en Cure March y por último Reika es Cure Beauty. El emperador Pierrot tiene sirvientes: Joker que es el jefe de Wolfrun, Akaoni y Majorina, que son los encargados de revivir a su emperador y derrotar a las Pretty Cure. Todas juntas viven muchas aventuras.

Una serie de sucesos marcarán el comienzo de una nueva Guerra Santa por el Grial en Trifas.

En esta guerra se enfrentarán dos bandos: la Facción Negra, con 7 miembros de Yggdramillennia, y la Facción Roja, con 7 miembros de la Asociación de Magos, y será supervisada por un miembro de la Iglesia que no servirá a ningún bando.