La base de esta flota que se opone a la “deep sea fleet” es Chinjufu. Allí, varias Kan-musume se reúnen para vivir en conjunto, entrenar diariamente, y esforzarse. Un día llega una nueva Kan-musume a Chinjufu, un destructor de clase especial llamado Fubuki. La historia de Fubuki y el resto de Kan-musume comienza ahora.

Los fragmentos resultantes se convirtieron en una lluvia de meteoritos que cayó sobre la Tierra, y por algún mundo, osos de todo el mundo se alzaron y atacaron a la humanidad. En esta guerra Osos contra Hombres, los osos se comían a los humanos, y los humanos disparaban a los osos, resultando en lo que parecía una batalla y un ciclo de odio infinitos. Al final, se erigió el “Muro de la Extinción” entre humanos y osos y se declaró un pacto mutuo de no agresión…

Estamos en el mundo humano.

Una mañana las estudiantes Kureha Tsubaki y Sumika Izumino, ambas de la Academia Arashigaoka, iban solas cuando vieron florecer la “Flor del Yuri” en un lecho de flores. Ambas son amigas, y también son amantes. El lecho de flores es un sitio muy importante para ambas. En aquel momento salta la alarma de osos. Los osos están invadiendo el mundo humano, ¡y los humanos están bajo ataque! Pero, ¿de verdad eso son osos? Un misterio lleva a otro misterio, y así sucesivamente. Se alza el telón de Yuri Kuma Arashi.

Un día llega al instituto Kazami Yuuji, el primer estudiante masculino de la academia, y en Mihama se pierde completamente el equilibrio. ¿Es Yuuji lo que las chicas necesitan para poder recuperar sus vidas o acaso el peso de sus pasados será un muro demasiado grande como para superarlo? ¿Y si es el pasado de Yuuji el más duro de todos?