Además de los seis juegos de Mega Man, Mega Man Legacy Collection también presenta nuevas formas de disfrutar de los juegos clásicos con el modo Museo y el modo Desafío. El modo Desafío combina los segmentos de juego de los seis juegos, con montones de objetivos cada vez más difíciles para los expertos y además, sirve de buen punto de partida para los nuevos jugadores. El modo Museo contiene una colección de historia, ilustraciones en alta definición y bocetos originales muy completa, un regalo para cualquier fan de Mega Man y de la historia de los videojuegos.