Tras lo ocurrido en Deponia, parace que Rufus ha vuelto en sí. Se ha vuelto prudente, amable, amigable y cariñoso, sin ninguna intención de provocar el caos solo por perseguir sus propios fines egoístas. Parece que está muy lejos de encadenarse a unas cuchillas llameantes, entrenar con torpedo-delfines o buscar dentro de nidos de ornitorrinco. ¿O no es así?

En ultima instancia, el incidente con las cuchillas llameantes ha provocado que Goal caiga denuevo en Deponia. El accidente, ha provocado que la conciencia de Goal quede dividida en tres partes y almacenada en tres discos distintos.
Ahora está en manos de Rufus convencer a las tres partes de Goal, utilizando su encanto y sus notables habilidades de persuasion, para embarcarse en una nueva operación hacia Eylsium con ella, y salvar Deponia de la ruina mientras está en ello.

La segunda aventura en Deponia cuenta una historia única e independiente, autocontenida y jugable sin necesidad de conocer los hechos de la primera parte. Los fans de la precuela descubrirán nuevos aspectos en los trasfordos de los personajes, y veran como muchas preguntas abiertas quedan contestadas.