La única forma de encarar este problema es que implementes tu propio sistema de sincronización, con tus propios algoritmos de encriptación, y (a) pongas todo bajo GPL y con los códigos fuente a disposición y auditoría externa de la comunidad de software libre (y de las agencias de inteligencia) o (b) tengas toda la implementación y diseño guardado bajo siete llaves debajo de tu colchón. Hay pros y contras para cada alternativa.

Todo esto teniendo en cuenta que el hardware donde diseñes todo no esté previamente comprometido con backdoors a nivel Hardware: (motherboards, BIOS, controladores de discos, etc).

Conclusión: la cosa es un poco más compleja pero ya con preocuparte vas por el buen camino. Estudiá criptología, no es tan difícil como parece.

Muchas gracias,

Excelente aporte.