Durante la segunda temporada, cada miembro del grupo sigue la fuga por su lado sobreviviendo como puede. John Abruzzi es engañado e intentando matar a la persona que hizo que la encarcelaran, el FBI lo encuentra, al no querer rendirse muere intentando disparar a Mahone.
Los que quedan no tardan en coincidir en Utah, en concreto en O’Tooele, donde hay enterrados $5 millones, el dinero de DB Cooper.Las cosas se complican, al final solo T-Bag consigue el dinero y los demás huyen porque están a punto de ser capturados. Cada uno sigue por su lado, Lincoln va a buscar a su hijo y lo lleva con su padre, que tiene los recursos suficientes para protegerle.
Michael por fin conoce a su padre y junto con Lincoln y Sucre van a tomar un avión a México. En el camino Mahone dispara a Aldo y éste muere. Esto provoca que Michael y Lincoln dejen de querer huir y empiecen a luchar así que Sucre se va a México y los hermanos se quedan en América.